Ylioppilastutkinnon jälkeen Runeberg kirjoittautui yliopistoon eli Turun akatemiaan, jossa hän luki aluksi pääasiassa latinaa ja kreikkaa. Keväällä 1823 Runeberg alkoi opiskella filosofiaa.

Vaasalaiselta opettajaltaan Runeberg oli saanut suosituskirjeen professori Anders Johan Lagukselle. Professori kutsui hänet lukemaan läksyjä tyttäriensä kanssa. Kesällä 1823 Runeberg toimi professori Laguksen Wilhelm-pojan kotiopettajana. Tästä saadut tulot riittivät asumiseen ja ravintoon ensimmäisen opintovuoden aikana. Hän saattoi jopa lähettää hieman rahaa kotiinkin.

Lukuharrastus viriää
Aluksi Runeberg luki suhteellisen vähän kaunokirjallisuutta, mutta sai myöhemmin lainata kirjoja hyväntekijöiltään ja ystäviltään. Yliopistovuosinaan Runeberg tutustui uuden koulun ruotsalaisiin runoilijoihin. Näitä olivat muun muassa Tegnér, Stagnelius ja Atterbom, kaikki romantikkoja, joihin hän myöhemmin otti jonkin verran etäisyyttä.

Runeberg luki myös eurooppalaisten klassikoiden, kuten Schillerin, Goethen, Shakespearen, Cervantesin ja Scottin teoksia. Luonnollisesti hän luki myös antiikin klassikoita, kuten Vergiliusta ja Homerosta, jotka sisältyivät myös opintoihin. Yleensä Runeberg otti osaa vain kandidaatin tutkintoon vaadittavaan pakolliseen opetukseen.

Ystävyyssuhteet syntyvät
Runeberg seurusteli päivittäin ystäviensä kanssa. Heitä olivat Johan Jakob Nervander ja J. V. Snellman sekä usein myös Elias Lönnrot. Kerrotaan, että ystävykset kilpailivat kerran Turun Ruissalossa sijaitsevan Choraeuksen lähteen äärellä siitä, kuka heistä oli paras runoilija. He päättivät kirjoittaa kukin oman runonsa lähteestä. Runeberg hävisi kilpailun. Hän sai rangaistukseksi hyppiä yhdellä jalalla kolme kierrosta lähteen ympäri päässään tuohirove, jota käytettiin juoma-astiana. Kertomuksen mukaan Runebergin kilpailussa esittämä runo oli varhainen versio runosta "Lähteellä".
Tämän runon F. A. Ehrström myöhemmin sävelsi ja se on eräs Runebergin tunnetuimpia lauluja.

Sekä J. V. Snellman että Elias Lönnrot olivat Runebergin ystäviä koko elämän ajan. Tosin suhteita Snellmaniin ajoittain häiritsi se, että he olivat eri mieltä monista kirjallisista ja poliittisista kysymyksistä. Toinen läheinen ystävä oli Fredrik Cygnaeus, joka artikkeleissaan toistuvasti korosti Runebergin lahjakkuutta kirjailijana. Voidaan sanoa, että Cygnaeus toimi Runebergin impressaarina nostamalla tarmokkailla kirjoituksillaan ystävänsä kirjallisia töitä kansallisesti merkittävälle tasolle.

Maisterintutkinto
Yliopiston kandidaatin tutkintoon oli tentittävä 11 eri ainetta, sekä humanistisia että luonnontieteellisiä. Kreikan tentistä Runeberg selvisi erityisen hyvin, mutta kemian tentti oli hankalampi. Hän valmistui filosofian kandidaatiksi juuri ennen promootiota heinäkuussa 1827.

Runeberg ei ollut ajatellut osallistua promootioon. Hän oli ollut koko kevään sairaalloinen ja kärsi viluisuudesta, luultavasti jonkinlaisesta malariasta. Hänen lähimmät ystävänsä kuitenkin puhuivat hänet ympäri. Varsinainen syy hänen haluttomuuteensa oli taloudellinen. Lisäksi akateemiset juhlallisuudet ja muut suuret tapahtumat eivät lainkaan kiinnostaneet häntä. Ne saivat hänet yleensä hämilleen.

Runo "Vargen"(Susi) on Runebergin ensimmäinen heksametrirunoelma. Hän kirjoitti sen kesällä 1823 vieraillessaan Lagusin perheen luona Liedossa. Uno Kurtén, joka oli Runebergin koulutoverin Nils Ferdinand Kurténin poika, on arvellut, että Runeberg kirjoitti runon ollessaan vasta 14-vuotias ja että hän tyytymättömänä tulokseen olisi yrittänyt polttaa runon. N. F. Kurtén olisi silloin repäissyt sen hänen kädestään niin, että otsikkosivulta repesi irti kulma. Käsikirjoituksen ensimmäisessä sivussa onkin tulen jälkiä, ja siitä puuttuu yksi kulma. Ei kuitenkaan ole kovin uskottavaa, että runo olisi kirjoitettu niin aikaisin. Svenska Litteratursällskapetin arkisto.

Kotiopettajana
Syyslukukaudella 1823 Runebergin talous ei enää kestänyt. Hänen vaatteensa olivat kuluneet ja hän näki nälkää. Siksi hän otti vastaan tarjouksen ryhtyä kotiopettajaksi Saarijärvelle joulusta 1823 alkaen. Hän opetti vuorotellen kapteeni Erik Gustaf af Enehjelmin luona Kolkanlahden kartanossa ja kruununvouti Daniel Philip Danielsonin luona Kalmarin kartanossa.

Kotiopettajaksi Saarijärvelle
Runeberg tilasi itselleen pari pukua velaksi ja matkusti Saarijärvelle. Siellä hän asui vuoden 1824 alusta elokuuhun 1825. Hän opetti af Enehjelmin kahta poikaa ja Danielsonin kahta poikaa. Runeberg asui kolme kuukautta kerrallaan kummassakin paikassa ja otti oppilaat mukaansa Danielsonin luota af Enehjelmille ja päinvastoin. Opetuksen tarkoituksena oli, että pojat oppisivat tarpeeksi voidakseen kirjoittautua Vaasan triviaalikouluun.

Käsitys Suomen kansasta muodostuu
Saarijärvellä Runeberg kohtasi aivan erilaisen maiseman kuin tutuissa Pietarsaaren ja Turun satamakaupungeissa. Saarijärvi oli tähän aikaan erämaapitäjä, jonka maisemalle olivat tyypillisiä valtavat metsäalueet, korkeat harjut ja niiden välissä syvät laaksot ja järvet.

Runebergin suomen kielen taito oli puutteellinen. Seurustelemalla rahvaan kanssa hän sai kuitenkin tietyn käsityksen sen elinehdoista sisä-Suomessa. Oleskelu Saarijärvellä oli ratkaiseva tekijä Runebergin käsitykselle suomalaisesta luonnosta ja Suomen kansasta. Saarijärvellä Runeberg tapasi ihmisiä, jotka elivät täysin luonnon ehdoilla ja joiden hengissäsäilyminen riippui taidosta hallita luontoa ja suojautua sen voimilta. Lähes kymmenen vuotta myöhemmin Runeberg selosti artikkelissa ”Några ord om nejderna, folklynnet och lefnadssättet i Saarijärvi socken", miten ihmiset elivät sovussa luonnon kanssa. Artikkeli julkaistiin Helsingfors Morgonblad -lehdessä vuonna 1832.

Saarijärven Paavo ja Suomen sodan veteraanit
"Saarijärven Paavo" (Bonden Paavo) on ehkä Runebergin ihailluin runo. Se kuuluu sarjaan "Idyllejä ja epigrammeja", joka ilmestyi esikoiskokoelmassa Runoja (Dikter) vuonna 1830. Runosta käy ilmi Runebergin käsitys talonpojasta Saarijärven salomailla. Tämä on kärsivällinen, väsymätön työssään, harvapuheinen ja Jumalaa pelkäävä - Suomen rahvaan ihannoiva kuvaus.

Kalmarin kartano Saarijärvellä. Täällä kruununvouti Danielson asui perheensä kanssa. Vinttikamari, jonka ikkuna on auki, oli Runebergin huone kartanossa. Rakennus purettiin vuonna 1973. Saarijärven museon kuva-arkisto.

Kesällä 1825 Runeberg muutti yhdessä af Enehjelmin perheen kanssa Ritoniemen kartanoon Ruovedelle. Siellä Runeberg tutustui kahteen vuoden 1808 sodan veteraaniin. Nämä olivat vänrikki Pelander, joka asui Ritoniemen kartanon mailla olevassa tuvassa ja vänrikki Karl Gustaf Polviander, joka asui Hainarin virkatalossa eli puustellissa naapuripitäjässä Kurussa. Runeberg ja Polviander kävivät metsällä yhdessä. Sekä Runeberg että Fredrika kielsivät näiden olevan vänrikki Stoolin esikuvia. Siitä huolimatta päinvastainen käsitys on säilynyt meidän päiviimme saakka.

Opinnot jatkuvat
Palattuaan Keski-Suomesta Turkuun Runeberg työskenteli jonkin aikaa arkkipiispa Jacob Tengströmin lastenlasten kotiopettajana. Koska Saarijärven ja Ruoveden kotiopettajan työstä oli jäljellä jonkin verran säästöjä, Runebergin ei tarvinnut tehdä jatkuvasti töitä ansaitakseen leipänsä, vaan hän saattoi keskittyä entistä enemmän opintoihin.