Johan Ludvig och Fredrika Runeberg flyttade tillsammans med sina två söner till Borgå i maj 1837. Den växande familjen bodde på olika adresser i staden, längst vid Krämaregatan. Familjens förmögenhet växte kännbart i början av 1850-talet, och det blev därför möjligt att skaffa en större och bekvämare bostad. En sådan hittade man i den nya empirestadsdelen i hörnet av nuvarande Alexanders- och Runebergsgatan. År 1852 flyttade så familjen med sina sex söner in i det hus som lektor Daniel Lindh hade låtit bygga och som numera är känt som Runebergs hem.

Efter J. L. Runebergs död (6.5 1877) flyttade Fredrika till Helsingfors i augusti 1878. Det runebergska hemmet fick dock inte stå tomt, eftersom lektor J. E. Strömborg hyrde en del av rummen för sin småbarnsskola. Skolan verkade i lokaliteterna i några års tid, tills staten löste in byggnaden inklusive lösöret av Runebergs arvingar. Hemmet öppnades som museum år 1880.

När Fredrika flyttade bort tog hon med sig bara en del av lösöret, största delen av möblerna fick stå kvar. Efter Fredrikas död återbördades de föremål hon haft med sig i Helsingfors till Borgå. Föremålsbeståndet i J. L. Runebergs hem har bevarats exceptionellt väl. Dessutom gjorde J. E. Strömborg redan under Runebergs livstid noggranna anteckningar om hur föremålen, inklusive krukväxterna, var placerade.

Under reparations- och konserveringsarbetet åren 2002-2003 har hemmet återställts till ett skick som är så nära det ursprungliga som möjligt, efter de ändringar som gjorts under den tid hemmet varit museum. Interiören, inklusive golvfärger och tapeter, är nu sådan som den enligt forskningsresultaten var 1868. Då fick rumsindelningen sin nuvarande form, när Runebergs hade hyrt ut tre rum och köket i södra gaveln till lektor J. E. Strömborgs familj.

I samband med ombyggnaden har alla möbler och största delen av konstverken och de övriga föremålen konserverats. Fredrikas trädgård, som ingår i fastigheten och är en av de få bevarade stadsträdgårdarna från 1800-talet, har också återställts så att växtbeståndet och utformningen är så nära det ursprungliga som möjligt.